Baba İlyas, Babailer isyanının önderidir. Babailer isyanının etkileri yüzlerce yıl devam etti. Babailer isyanı, daha sonraki süreçleri belirleyen önemli bir dönemeçtir. Baba İlyas’ta bu önemli tarihsel başkaldırının önderidir. Baba İlyas’ın doğum tarihi kesin olarak bilinmemektedir. Horasan bölgesinde doğduğu ve Hoca Ahmet Yesevi’nin öğrencilerinden olduğu rivayet edilmekle beraber bazı bilgiler onun Ebul Vefa’nın öğrencisi olduğu yönündedir. Baba İlyas’ın fikirlerinin kısa bir dönemde bütün Anadolu’da yayılması ve etkili olması önemlidir. Bu dönemde Anadolu’da Selçuklu devleti hükümdarlık sürdürüyordu. Selçuklu devleti, bir avuç yöneticinin ve bunların yardakçılarının emrindeydi. Geniş halk yığınları sefalet içinde çırpınıyorlardı. Bunlar yetmezmiş gibi, Selçuklular halk üzerinde muazzam bir baskı kurmuşlardı. Bundan hoşnut olmayan halk yığınlarının derdine Baba İlyas’ın eşitliği, paylaşımı, adaleti savunan düşünceleri derman niteliğindeydi. Baba İlyas, “Allah sevgisinin dinin katı kurallarıyla biçimlenemeyeceğini, insanın ancak kendi gönlünce bu sevgiyi yaratabileceğini” söylüyordu.
Baba İlyas’a göre toplum, “kadın-erkek ayrımı gözetilmeksizin tüm bireylerin oluşturduğu bir bütündü”. Bu bütünün içinde tüm insanlar birbirilerine eşitti. Ne var ki, Selçuklular ve onların egemenliğindeki beylikler böyle olması gereken tanrısal düzenden ayrılmışlar ve güçlüler yeryüzünü kendi aralarında paylaşarak, eşitliği ortadan kaldırmışlardı. Oysa amaç, bütün insanların kardeşçe, barış içinde ve elbirliğiyle üreterek yaşamaları olmalıydı. Kısaca özetlemeye çalıştığımız, Baba İlyas’ın bu bütün insanlığı kucaklayan ve zamanı, mekânı olmayan düşünceleri, etkisini hemen gösteriyordu. Bu düşünceler bütün zamanlar ve mekânlar için geçerlidir.
Böylece Baba İlyas ve yardımcısı Baba İshak, büyük bir örgütlülük geliştirerek mücadeleye başladılar. Mevcut durumdan hoşnut olmayan tüm toplum kesimleri Baba İlyas’ın etrafında birleşiyordu. Selçuklu sultanı 2. Gıyaseddin Keyhüsrev, Baba İlyas’ın bir ayaklanma için hazırlıklar yaptığını sezince, 1239 yılında Baba İlyas’ın üzerine saldırdı. Bunun neticesinde isyan başladı. Baba İlyas’a saldırıyla beraber Baba İshak ayaklanma çağrısı yaptı. Babailer, bir çok yerde Selçuklu birliklerini geri püskürttü. Baba İlyas, 1239 veya 1240 yılında Amasya’da şehit edilmiştir.
Babailer isyanının daha sonraki bir çok gelişmeyi belirlediğini söyledik. Bunlardan ilki, kesin olmamakla beraber, Hacı Bektaş Veli’nin Baba İlyas eyleminde yer aldığıdır. Diğer bir bilgi ise, Osmanlı devletinin kurulmasında rol alan Şeyh Edebali’nin Baba İlyas’ın halifelerinden olduğudur. Bu bilgiler her ne kadar muğlaksa da, kesin olan Babailer isyanının büyük bir isyan olduğu ve etkilerinin uzun yıllar devam ettiğidir. Ayrıca Baba İlyas’ın fikirleri Anadolu Aleviliğinin temelini atmıştır.