Bazı kaynaklar Baba İlyas ile Baba İshak’ı birbirine karıştırıyorlar. Bazı bilgilerde Baba İlyas, Baba İshak’ın halifesidir. Yine bazı kaynaklarda ise Baba İshak’ın Baba İlyas’ın halifesi olduğu belirtilir. Doğrusuda budur. Yani Baba İshak, Baba İlyas’ın halifesidir. Aslında bu o kadar da önemli değildir. Netice de her iki önderde büyük Babailer İsyanı’nın önderleridir. Baba İlyas, olayın temel stratejisini belirlemiş, teorisini yapmıştır. Baba İshak ise isyanın pratik gelişimini örgütlemiştir.
Baba İshak, tarihe Babailer İsyanı diye geçen ayaklanmanın Baba İlyas ile beraber önderidir. Baba İlyas’ın şehit edilmesinden sonra isyanı o yönlendirmişti. Mücadelenin gerekçelerini anlatan haksızlıkların, yapılan yanlışları ortaya koyan ve karşısında alternatifleri sunan Baba İlyas’tır. Bu fikirlerin kitleselleşmesini sağlayan, halk topluluklarını örgütleyen Baba İshak’tır. Bu nedenle Baba İshak ve Baba İlyas iç içe geçmişlerdir.
Baba İshak’ın nerede ve ne zaman doğduğu bilinmemektedir. Bilinen Baba İlyas’ın şehadetinden sonra mücadeleye devam ettiğidir. Kesin olmamakla beraber 1240 yılında Amasya’da şehit edildi. Onun şehadetinden sonra Babailer’in çoğunluğu kılıçtan geçirilip yok edildiler. Geriye kalanlar ise mücadelelerine Anadolu’nun dört bir yanına dağılarak devam ettiler.