Alevi tarihi bir isyanlar, başkaldırmalar tarihidir de. Aleviler tarih boyunca hep zulüm edenlere karşı isyan etmiş, ayaklanmışlardır. BABAİLER isyanı da bu şanlı başkaldırı zincirinin onurlu halkalarından biridir.
Baba İlyas ve Halifesi (yardımcısı) Baba İshak Anadolu toprakları üzerinde hüküm süren Selçuklu devletinin politikalarından bıkan, vergilere tâbi tutulan, gittikçe yoksullaşan halk kitlelerinin doğal önderi olmuşlardı.
Selçuklu sultanı II. Gıyaseddin Keyhüsrev, halk üzerindeki baskılarını artırıyordu. Adaletsizlik ve zulüm Anadolu’yu sarmalamış durumdaydı. İşte böyle karanlık günlerde Baba İlyas, günümüzde dahi önemini koruyan hakçı düşüncelerini Anadolu insanına anlatıyordu. Baba İlyas ve ardıllarının düşüncelerini kısaca özetlemek gerekirse: Baba İlyas’a göre Tanrı sevgisi, dinin katı kurallarıyla sağlanamazdı. İnsan ancak kendi gönlünce bu sevgiyi yaratabilirdi. Toplum kadın-erkek ayrımının olmadığı, tüm bireylerin (kadınıyla-erkeğiyle) eşit olduğu bir bütündü. Ama Selçuklular ve onların egemenliğindeki beylikler böyle olması gereken bu tanrısal düzeni kendi çıkarları için bozmuşlar ve bir adaletsiz zulüm düzeni kurmuşlar. Oysa asıl amaç bütün insanların kardeşçe, barış içinde ve beraberce üreterek yaşamaları olmalıydı.
Baba İlyas’ın bu düşünceleri değil 13 asırda, günümüzde dahi insanların özlem duyduğu istemlerinin dile gelmesiydi. Nitekim Babailerin şiarı olan "yarin al yanağından gayrı her şeyde eşitlik" sloganı aradan geçen bu kadar zamana karşın hâlâ güncelliğini koruyor.
1239 yılında Selçuklu sultanı II. Gıyaseddin Keyhüsrev, ansızın birliklerini insanlığın özlemlerini dile getiren Baba İlyas’ın üzerine sürdü. Ve böylece ayaklanma başladı. Saldırıların başlamasıyla Baba İshak Anadolu’nun dört bir tarafına ayaklanın çağrısını yaptı. Babailer ilk etapta Elbistan, Sivas daha sonraki aşamalarda Amasya ve Kayseri’yi aldılar. II. Gıyasettin Keyhüsrev başkent Konya’yı terk etmek zorunda kaldı.
Baba İlyas’ın Amasya kalesindeki şahadetinden sonra çatışmalar şiddetlendi. Babailer Kırşehir’e yöneldi. Bu arada Selçuklu ordusu toparlandı ve paralı Frenk askerlerini de yanına alarak inisiyatifi ele geçirdi. 1240’ta Baba İshak Amasya’da asılarak şehit edildi ve Babailerin büyük çoğunluğu kılıçtan geçirildi.
Babailerin düşünceleri daha sonraları Hacı Bektaş Veli başta olmak üzere bir çok kimselerin düşüncelerini şekillendirerek yenilmediğini kanıtlamış oldu.